Animal genomics in natural reservoirs of infectious diseases.

En général, les réservoirs naturels sauvages des virus, qu’il s’agisse de chauves-souris, d’oiseaux, de rongeurs ou de primates non humains ne font pas partie des espèces modèles utilisées pour l’expérimentation et jusqu’à une époque récente il était particulièrement difficile de mener des recherches approfondies sur ces animaux, difficiles d’accès. Le séquençage de nouvelle génération permet de contourner partiellement cette limitation, puisque les méthodes nécessaires pour obtenir et analyser les données de séquences sont en grande partie indépendantes de l’espèce étudiée. La génomique comparée, au même titre que d’autres technologies dites « omiques » offre de nouvelles possibilités d’étudier la structure et les fonctions de systèmes biologiques appartenant à une variété d’espèces sauvages auxquelles les chercheurs n’ont aucun accès. L’étude du génome des hôtes réservoirs naturels permet d’identifier les voies privilégiées d’interaction entre le virus et l’organisme hôte et d’élucider ce qui distingue les espèces, les populations et les organismes sensibles de ceux qui sont résistants. Cet aspect présente un grand intérêt scientifique et pourrait générer les données nécessaires à la conception de traitements rationnels contre les maladies virales humaines ou animales. C’est ainsi que nous « apprendrons de la nature » et pourrons un jour utiliser ces connaissances pour donner naissance à des animaux d’élevage résistants aux maladies ou pour mettre au point des stratégies thérapeutiques et prophylactiques innovantes. D’autres perspectives prometteuses de la génomique des hôtes réservoirs portent sur la mise au point de vaccins innovants destinés à la faune sauvage et sur le développement de nouvelles plateformes diagnostiques. La génomique aura également un impact important en biologie du développement et de l’évolution. La synthèse présentée par les auteurs est axée sur les hôtes réservoirs naturels des virus, mais la plupart des points examinés s’appliquent tout aussi bien aux réservoirs naturels d’autres agents pathogènes tels que les bactéries, les champignons ou les parasites.

En general los animales salvajes que sirven de reservorios naturales de virus, tales como murciélagos, aves, roedores o primates no humanos, no constituyen «organismos modelo» para la ciencia, por lo que hasta hace poco ofrecían escasas oportunidades de estudio detallado. La secuenciación de próxima generación proporciona un medio para salvar parcialmente este obstáculo, por cuanto los métodos requeridos para obtener y analizar datos son, en gran medida, independientes de la especie de que se trate. La genómica comparada y otras técnicas «ómicas» abren nuevas posibilidades para estudiar la estructura y función de varios sistemas biológicos de especies salvajes que de otro modo quedarían fuera de nuestro alcance. El genoma de especies que constituyen reservorios naturales puede ser útil para determinar las vías predominantes de interacción virus–anfitrión y revelar diferencias entre los organismos (o poblaciones o especies) sensibles y los resistentes. Ello, además del gran interés científico que reviste, puede suponer un recurso para la concepción racional de terapias contra enfermedades víricas del hombre y el ganado. De esta manera «aprenderemos de la naturaleza» y algún día emplearemos este saber para generar ganado resistente a determinadas enfermedades o poner a punto nuevos métodos de tratamiento o prevención. La genómica de los reservorios también abrirá vías para obtener nuevas vacunas destinadas a los animales salvajes, ayudará a crear nuevos dispositivos de diagnóstico y tendrá repercusiones de gran calado para la biología evolutiva y del desarrollo. Los autores se centran aquí en los reservorios de patógenos víricos, aunque la mayoría de los aspectos examinados deberían poder aplicarse igualmente a los reservorios naturales de patógenos bacterianos y fúngicos u otros parásitos.

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